Созданная в 1206 году Монгольская империя во главе с Чингисханом основывалось на принципах военно-административных аймаков. Вся Монголия, ее армии и население подразделялись на три аймака. Армия состояла из Левого, Правого и Центрального крыла, которые составляли три военно-административных аймака. В монгольской армии появилась осадные, стенобитные и метательные орудия после её вторжения в 121 1-1215 гг. на территорию Китая. Основной закон Монгольского государства «Яса» состояла из двух частей, в первой части были слова-назидания Чингисхана. По «Ясе», высшим органом Монгольского государства был курултай, который созывался один раз в год. Найманский хан Кучлук запрещал жителям Жетысу исполнение мусульманских обрядов. Гонения мусульман, запрет наиманским ханом исполнение мусульманских обрядов вызвало в Жетысу межрелигиозное противостояние. Используя напряженную обстановку, вызванную межрелигиозным противостоянием, монголы 218 году вторглись в Жетысу. Желая привлечь население Жетысу, на свою сторону монголы издали указ, по которому запрещалось грабить местное население. Из-за найман, многие города Жетысу давались монголам без боя, в том числе Баласагун. Поводом для вторжения монгол на территорию Казахстана" Среднюю Азию стала гибель и разорение в Отраре в 1218 году торгового каравана посланногЪ Чингисханом.

В 1219 г. 150 тысячное войско Чингисхана вторглись на территорию Южного Казахстана, население Отрара шесть месяцев держали оборону во главе с правителем города Каир ханом.

Монголами полностью были уничтожены три южно¬казахстанских Отрар, Сыгнак, Ашнас. Все присырдарьинские города оказались полностью под властью монгол в результате военных в 1219-1220 гг. Завоеванные земли Чингисхан поделил между сыновьями на четыре улуса. В улус Джучи входили территория от Иртыша до Восточной Европы. Джучи умер в 1227 г. и улус унаследовал его сын - Вату.

В улус Чагатая вошла территория Южного и Юго- восточного Казахстана и Средняя Азия с центром - город Алмалы. В середине XIV века государство Чагатаидов распалось на Могулистан и'Мавераннахр.

Территория Тарбагатая и верхнее течение Иртыша вошли в улус Угэдэя, В 1251 году улус Угэдэя был ликвидирован.