Моңғолдардың жаулап алуы салдарынан өндіргіш күштер талқандалып, адамдар жаппай қырылды, өркендеп тұрған қалалар жер бетінен ғайып болып, материалдық және мәдени қазыналар жойылып кетті, ондаған мың тамаша шеберлер мен қолөнершілер құлдыққа айналды. Жаулап алған елдерде індеттер таралып, жаппай жоқшылық басталды. Араб тарихшысы Ибн әл – Асыр моңғолдардың жаулап алуы туралы «бұл күн мен түн болып көрмеген, жаратылғанның бәрін жайлаған Орасан кесапат болды... жылнамаларда бұл секілді апаттың болғаны айтылмаған,» - деп жазды.
Қалалардың қирауы. Жергілікті халықтың қарсыласуын басу үшін Шыңғыс - хан жаппай қырып жою және күштеу, тұтас бір қалалардан түк қалдырмау тәсілдерін қолданды. Шыңғыс-ханның Орта Азияға баратын жолында жатқан Оңтүстік Қазақстанның Сырдария бойындағы қалалары мен қоңыстары бұл тәсілдің алғашқы құрбандары болды. Моңғол әскерлері отпен өртеп, қылышпен қырып өзіне жол ашып отырды. Араб және парсы деректемелері түрлі елдердің халқын моңғолдар түгелдей дерлік қырып тастаған 30-ға тарта қалаларының атын келтіреді. Мәселен, моңғолдарға дейінгі уақытта 200-ге тарта елді мекен қалалар болса, XIII-XIV ғғ., 20-ға жуық қана қала қалған. Тіпті жуас қала атанған Баласағұнның өзі түп орнымен жоқ болып кеткен. Оны Мұхаммед хандардың мына сөзінен де көруге болады: «Баласағұнның өзі тұрмақ, оның орны қайда екені белгісіз». Оның ішінде оңтүстік Қазақстаннан Отырар, Сауран, Сығанақ, Жент, Ашнас сияқты ірі қалалар қиратылып құрып кетті.
Жетісуда шаруашылықтың құлдырауы. Моңғол феодалдарының үстемдігі орнағаннан кейін туған ауыр зардаптарының әсері ешбір ұрыссыз – ақ басып алынған Жетісу жерлеріне күшті тиді. Бірақ, жазба деректемелер мен археологиялық мәліметтер Жетісудағы қала мен отырықшы – егіншілік егісінің едәуір бүлінгенін, егістік үшін игерілген жерлердің өлкеде моңғол үстемдігі орнығаннан кейін алғашқы ондаған жылдарда – ақ жайылымға айналдырғанын дәлелдейді.
Француз королі IX Людовиктің моңғол ханы Мөңкеге жіберген елшісі Рубрук моңғол шапқыншылығынан кейін 30 жылдан астам уақыт өткен соң, 1253-1255 жылдары Қазақстан территориясы арқылы өтіп бара жатып, егіншілік егісінің бұзылғандығы туралы, Жетісу қалаларының, оның ішінде Іле аңғарындағы қалалардың ғайып болғандығы туралы алғашқылардың бірі болып дәлелдемелер қалдырып кеткен.
Ұлыстар құрылғаннан кейін Жетісуға моңғол көшпелілердің қалың топтарының келіп қоңыстануы салдарынан егіс танаптары, өңделетін жерлер күрт азайып, экономиканың көшпелі мал шаруашылығы секторы отырықшылық сектор есебінен күшейе түсті.
Елді мекендерді қирату, егістікті малға таптату, бау – бақшаны, ирригациялық жүйелерді жойып жіберу, отырықшы – егіншілікпен шұғылданатын халықтың қырылып, босып кетуі, оның көрші қалалармен және егіншілікпен шұғылданатын өлкелермен, соның ішінде, Оңтүстік Қазақстанмен экономикалық байланысының күрт азаюы – осының барлығы Жетісудағы шаруашылықтың құлдырауына және қалалардың өмір сүруінің экономикалық негізінің әлсеруіне әкеп соқты.
Тоқырау мен материалдық жағынан ғана әсерін тигізіп қоймай, Қазақстан жеріндегі халықтардың қоғамдық жағынан рухани мәдениетінің дамуына үлкен кесел келтірді. Өйткені моңғол қоғамының даму деңгейі Қазақстандағы дамудың деңгейінен әлдеқайда төмен еді. Әскер күшіне сүйенген, жаулаушылыққа сай құрылған көшпелі әскери феодолизмнің шапқыншылығы Қазақстан жеріндегі әлеуметтік – экономикалық формацияның дамуына тәжеу жасады. Әсіресе, жаңадан халық болып қалыптасып келе жатқан халықтың құрамының шырқын бұзып, қазақ мемлекеттігінің пайда болу процесін екі ғасырға кешеуілдетті. Бұл шапқыншылық Қазақстан жеріне алым – салықтың ауыр зардабын, қайғы – қасіреттің, золық – зомбылықтың күшін орнатты.
Қорытып айтқанда, Шыңғыс – хан бастаған моңғол басқынщылығы жаулап алынған елдер үшін өзінің кеселді зардабы жағынан ең ауыр апат болды. Ол көптеген халықтардың экономикалық және мәдени прогресін, олардың саяси, әлеуметтік, этникалық дамуын ұзақ уақыт тоқыратты.