Заповедник «Аксу-Джабаглы» занимает площадь 128118 га в пределах Южно-Казахстанской и Жамбылской областей на стыке границ Казахстана с Узбекистаном и Кыргызстаном. Основная территория Аксу-Джабаглы занимает западную часть хребта Таласский Алатау и крайнюю северо-восточную ветвь Угамского хребта в интервале высот 1100-4200 м над уровнем моря.
Заповедник «Алма-Атинский» - создан 15 мая 1931 г. как Мало-Алма-Атинский с площадью в 15000 га. В 1935 г. после увеличения его площади до 40000 га, а затем до 856680 га, он стал именоваться Алма-Атинским и, кроме бассейна Малой Алмаатинки, включал уже Жаланашскую и Согетинскую долины с прилегающими горами. Однако в 1939 г. началась передача отдельных участков его территории различным организациям, а в 1951 г. заповедник был ликвидирован. Только 31 июля 1961 г. постановлением Совета Министров Казахской ССР № 524 заповедник восстановили, но уже на территории Чиликской, Табанкарагайской и Таучиликской лесных дач. Через три года, в 1964 г., его перенесли на современную территорию - в бассейн рек Иссык и Талгар. В настоящее время заповедник занимает площадь 71 700 га. Центральная усадьба находится в г. Талгар в 25 км от г. Алматы.
Заповедник «Алакольский». Первоначально площадь заповедника составляла 12520 гектаров, затем она была увеличена до 20743 гектаров. В настоящее время в него входят два участка: дельта р. Тентек (17423 га) и острова оз. Алаколь (3320 га). Вокруг первого участка создана двухкилометровая охранная зона площадью 21547 га. Вокруг заповедных островов — Улькен Аралтобе, Средний и Кишкене Аралтобе, также установлена двухкилометровая буферная зона площадью 5130 га, в пределах которой запрещены охота, рыболовство, стоянка катеров, лодок и других плавательных средств. Алаколь-Сасыккольская система озер занимает пустынную впадину между горными системами Джунгарского Алатау и Тарбагатая в юго-восточной части Казахстана. В центре впадины находится система крупных озер: Сасыкколь, Кошкарколь, Уялы, Алаколь, Жаланашколь.
Заповедник «Барсакельмес» общая площадь заповедной территории составляет 105879 га, а буферной зоны - 54947 га. В административном отношении заповедник расположен в Аральском районе Кызылординской области в 300 км на юго-запад от г. Аральск и в 210 км на запад от г. Казалинск.
Заповедник «Западно-Алтайский» занимает площадь 56078 га у северо-восточной границы Восточно-Казахстанской области на территории двух административных районов: Риддерского (ранее Лениногорского) и Зыряновского. Основные горные хребты: Линейский, Коксинский, Ивановский и Ульбинский, не достигают больших высот и имеют рельеф эрозионного характера. Тектонические формы определяют наиболее крупные черты современной орографии. Сложная геологическая история своими истоками уходит в далекое прошлое. Еще в докембрии и нижнем палеозое в результате тектонических движений был заложен фундамент складчатой горной страны, окончательно оформившейся во время герцинской складчатости. Ледниковые формы рельефа не имеют универсального значения для всей территории Алтая, но в ряде районов определяют специфику строения поверхности. Водно-эрозионные формы рельефа распространены повсеместно, и наиболее развиты в области среднегорий. Уникальные образования - гранитные останцы Линейского белка - один из оригинальных геологических памятников минувших эпох. В строении территории заповедника принимают участие изверженные породы пермского и девонского периодов, а также самые молодые четвертичные образования.

Заповедник «Каратауский» расположен Туркестанском районе Южно-Казахстанской области. Центральная усадьба заповедника находится в г. Кентау. Общая площадь 34,3 га. ерритория резервата занимает южный склон центральной наиболее высокой части хребта Каратау (г. Бессаз - 2167 м над уровнем моря). Рельеф местности среднегорный, четко отграниченные узкие гребни отрогов несут слабо развитые поверхности выравнивания. Только у северной границы заповедника расположено обширное нагорное плато Бессаз.
Заповедник «Кургальджинский» Кургальджинский заповедник в современных границах занимает около 2600 кв.км самой низкой части Тенгиз-Кургальджинской впадины, куда стекают основные реки между Казахским мелкосопочником и Кокчетавской возвышенностью. Рельеф здесь выровненный, к западу и югу от Тенгиза слегка всхолмленный. Абсолютные высоты впадины 304-420 м над уровнем моря. В заповедник включены два огромных озера, являющиеся конечным пунктом медленно несущей свои воды реки Нура. Как и другие озера Центрального и Северного Казахстана, они имеют циклическое наполнение (уровень воды в них значительно колеблется в зависимости от сезона) и многолетние колебания. Из-за этого мелководные озера год от года чрезвычайно различаются по размерам, форме и рисунку береговой линии.
Заповедник «Маркакольский» расположен на территории Курчумского района Восточно-Казахстанской области с целью сохранения уникального озера Маркаколь и окружающих его ландшафтов. Современная площадь заповедника составляет 75048 га, значительная ее часть (46045 га) приходится на акваторию озера Маркаколь. Сухопутная территория разделена на два участка, занимающих юго-восточное побережье и северные склоны хребта Азутау, а также долину реки Тополевки и часть водораздела Курчумского хребта. Заповедник окружен охранной (буферной) зоной площадью 2221 га. Для осуществления рекреационной деятельности в восточной части акватории озера выделена зона спортивного и любительского рыболовства площадью 1500 га. Географические координаты центральной части заповедника - 49°16' северной широты и 86°37" восточной долготы. Центральная усадьба расположена в поселке Урунхайка. Территориально заповедник находится в горах Южного Алтая, являющихся юго-западной периферией горно-таежных ландшафтов Южной Сибири, и в соответствии с физико-географическим районированием относится к Южно-Алтайской провинции Алтайской горной области.
Заповедник «Наурзумский» площадью 191381 га и включает три крупных участка - Наурзум (139714 га), Терсек (12947 га) и Сыпсын (38720 га), объединенных и окруженных охранной зоной общей площадью 116726,5 га. В административном отношении заповедник входит в состав Наурзумского и Аулиекольского районов Костанайской области.
Заповедник «Устюртский» своеобразен и неповторим природным облик Арало-Каспийского водораздела, в пределах которого расположено обширное щебнисто-каменистое плато Устюрт. На заповедной территории плато представлено лишь узкой полосой в 1-3 км и только на севере полосой в 5—10 км. Площадь заповедника 223342 га.