Поводом для начала Гражданской войны в Казахстане послужил мятеж чехословацкого корпуса. В августе в Иран и Закаспийскую область прибыли английские войска. Для борьбы с белоказаками была создана «Особая армия». В ноябре 1918 года Второй Отдельный корпус Сибирской армии начал наступление на Семиречье, конечной целью был город Ташкент. Великодержавные шовинисты утверждали, что вооружённый мусульманин - враг России. На Семиреченский фронт была переброшена дивизия атамана Анненкова. Боевыми операциями против Дутова командовал комиссар Кобозев. Осенью 1918 года был сформирован первый советский образцовый кавалерийский полк. Правительство Алаш-Орды в годы Гражданской войны выступило против Советской власти. В годы Гражданской войны Советы создавали в Туркестане и Казахстане воинские части, получившие название мусульманские. 2-3 марта 1918 г советская власть была установлена в Верном. Верненский Совет избрал Т. Бокина заместителем комиссара по урегулированию русско-туземных отношений. Весной 1918 г проведена приватизация крупной промышленности.
Осенью 1919г Северный и Восточный Казахстан освобождался от колчаковцев Пятой армией Восточного фронта под командованием М.Тухачевского. В июне 1918-октябре 1920т в Северном Семиречье в борьбе за Советскую власть развернулась Черкасская партизанская оборона.
Черкасская оборона не дала объединиться сибирской и азиатской контрреволюции, не пропустила Колчака вглубь Семиречья. В январе 1919 года монополия на заготовку и распределение хлеба дополнилась продразвёрсткой. В годы Гражданской войны политика военного коммунизма в Казахстане проявилась в слиянии местных бюджетов в государственный.
В Постановлении ВЦИК от 4 апреля 1919 года Советская власть по отношению к Алаш-Орде объявила амнистию.
Согласно Декрету от 10 июля 1919 года высшее военно-гражданское управление краем осуществлялось Казахским революционным комитетом (Казревкомом). Во главе Казревкома стоял Пестковский. Печатным органом Казревкома, осуществляющего в 20-е годы XX века работу по объединению казахских земель, была газета «Ушкын».
В марте 1918 года Советская власть победила во всей Семиреченской области. Интернациональная экспедиция под руководством Алиби Джангильдина доставила оружие Актюбинскому фронту. Весной 1918 года была реквизирована вся оптово-розничная торговля, её функции переданы продовольственному комитету. Учётно-распределительным органом Наркомата продовольствия становилась кооперация.
Расчёт на мировую революцию не оправдался и государство предприняло усилия мобилизации всех внутренних ресурсов. Для борьбы с саботажем и контрреволюцией образованы органы ВЧК.
В сентябре 1919года Оренбург официально был включён в состав Казахстана. Переход алашординцев на сторону Советской власти возглавил А.Байтурсынов. 9 марта 1920 года Алаш-Орда была ликвидирована Советской властью. Гражданская война унесла 8 миллионов жизней. Гражданская война показала большевикам, что по вопросам строительства государства, необходимо считаться с идеей национальной государственности народов.