Поражение восстаний 30-50-х годов XIX века позволило России перейти к завоеванию оставшихся казахских земель силой оружия. Тем более Россия была обеспокоена усилением Англии на Среднем Востоке. Англия утвердилась в Индии, практически хозяйничала в Афганистане и начала вести переговоры со среднеазиатскими ханствами, всячески подстрекая их к войне с Россией. В 1862 году велись, например, переговоры между английскими эмиссарами и среднеазиатскими владетелями о создании англичанами пароходства на Аму-Дарье.

Царское правительство выбрало такой момент, когда Англия не могла помешать ей в захвате новых земель. Великобритания была занята подъемом национально-освободительного движения в Ирландии, напряженным положением в Индии, обострением отношений между Францией и США. Россия же обеспечила западные границы сближением с Пруссией и спокойно проводила активную наступательную политику в Средней Азии.

Весной 1854 года в урочище Алматы майором Перемышльским было заложено укрепление Верный.

В это же время царская администрация предприняла ряд шагов по реорганизации управления Казахстаном. В 1865 году была создана специальная Степная комиссия в составе представителей МВД, Военного министерства, местных генерал-губернаторов, которая составила Проект по управлению казахской степью, оформленный в двух документах. 11 июля 1867 года Александром II было подписано «Временное положение об управлении в Семиреченской и Сырдарьинской областях», а 21 октября 1868 года «Временное положение об управлении в степных областях Оренбургского и Западно-Сибирского генерал-губернаторства». Основная и главная задача принятия этого документа заключалась в централизации управления в степи и дальнейшего ослабления влияния казахской аристократии для полного подчинения казахов царской администрации. «Положения» были временными, рассчитанными на внедрение в течение 2 лет, но фактически этот процесс растянулся на 20 лет.

Согласно реформе в Казахстане было создано 3 генерал-губернаторства: Туркестанское (состоявшее из Семиреченской и Сырдарьинской областей), Западно-Сибирское (Акмолинская и Семипалатинская области), Оренбургское (Уральская и Тургайская области). В руках генерал-губернатора была сосредоточена вся полнота власти, в пограничных областях и дипломатические функции. Власть их носила военный характер, они одновременно исполняли функции командующих соответствующими военными округами.

6 областей были разделены на 34 уезда.

Уезды делились на волости по территориальному принципу. Во главе волостей стояли волостные начальники. Волостные управители избирались из числа казахов сроком на три года тайным голосованием. Однако результаты голосования должны были утверждаться вышестоящими органами, что делало выборность фиктивной.

Волости делились на административные аулы, которые в свою очередь делились на хозяйственные кибитки. В состав одного аула входило 100-200 кибиток. Во главе аула стоял аульный старшина, также избираемый на 3 года.

Коснулось реформирование и судебной системы. Большая часть преступлений, предусмотренных уголовным уложением, антиправительственные деяния могли теперь рассматриваться только в общеимперском суде. В ведении суда биев и казиев остались в основном дела семейно-брачные, мелкие хозяйственные споры, что еще более подрывало значение биев.

Все казахские земли объявлялись государственной собственностью России. Фактически казахи оказались в бесправном положении на собственной земле.

По реформам 1867-1868 годов были установлены ежегодные кибиточные сборы (около 3 рублей в среднем). Оседлое население выплачивало десятую часть собранного урожая. Содержание администрации, ремонтные работы, содержание школ, больниц также обеспечивалось за счет казахского населения.

В результате этих реформ нарушалась традиционная система землепользования, следовательно, все институты традиционного общества.